Антон, маткапитал на первоначальный взнос использовать можно, но оставить квартиру только за Вами брачный договор не позволит. Жилье, купленное с маткапиталом, по закону оформляется в общую собственность владельца сертификата, его супруга и всех детей с долями по соглашению (ч. 4 ст. 10 Закона N 256-ФЗ). Брачный договор регулирует отношения супругов между собой, а обязанность выделить доли детям установлена законом.
При ипотеке срок такой: доли нужно оформить в течение 6 месяцев после полной выплаты кредита и погашения записи об ипотеке (пп. «в» п. 15(1) Правил, утв. Постановлением Правительства РФ N 862). До этого квартира может оставаться на Вас. Доли при этом считаются не от всей цены квартиры, а от суммы маткапитала (п. 13 Обзора ВС от 22.06.2016), поэтому у жены и детей они будут небольшими, а остальная часть по брачному договору останется Вашей.
Напишите, какую сумму маткапитала планируете вложить и сколько стоит квартира, посчитаю примерные доли.