Здравствуйте. Сначала нужно понять, за какой год банк показал в ФНС материальную выгоду: кредит оформлен в 2024 году, но доход банк мог отразить позже.
Для 2024 года подп. 1 п. 1 ст. 212 НК РФ предусматривал материальную выгоду, если кредит получен от организации, которые признаны взаимозависимым лицом по отношению к налогоплательщику либо с которыми налогоплательщик состоит в трудовых отношениях.
То есть одной только низкой процентной ставки недостаточно. Если Вы не работали в ГПБ и не являлись взаимозависимым с банком лицом, основание для начисления налога уже вызывает вопросы. То, что зарплата приходит на карту этого банка, трудовых отношений с банком не создаёт.
ФНС приводит похожий пример с автокредитом: если человек не работает в банке и не является взаимозависимым с ним лицом, материальная выгода не возникает.
Еще нужно учитывать, что за снижение ставки Вы заплатили 548 тыс. руб. Это тоже может иметь значение, хотя сама по себе оплата услуги ещё не решает вопрос с налогом.
Нужно посмотреть сообщение банка о переданном в ФНС доходе и документ на услугу снижения ставки за 548 тыс. руб. По ним можно понять, на каком основании банк посчитал материальную выгоду и есть ли основания это оспаривать.