Здравствуйте! Вы соблюли срок предупреждения (ст. 80 ТК РФ), поэтому удерживать вас или штрафовать за «недоработку» графика работодатель не имеет права.
Единственный законный «долг» может возникнуть, только если вы отгуляли отпуск авансом и увольняетесь до окончания рабочего года, за который он получен (ст. 137 ТК РФ).
Если лишний отпуск вы не брали, требуйте письменный расчет: вычеты за «недоработку часов» по графику при суммированном учете незаконны, если вы свои смены отработали.