согласно совместного Постановления Пленума Верховного Суда РФ N 10, Пленума ВАС РФ N 22 от 29.04.2010 "О некоторых вопросах, возникающих в судебной практике при разрешении споров, связанных с защитой права собственности и других вещных прав" (п.21) в силу статьи 268 ГПК РФ или части 3 статьи 222 АПК РФ решение суда об установлении факта добросовестного, открытого и непрерывного владения имуществом как своим собственным в течение срока приобретательной давности также является основанием для регистрации права собственности в ЕГРП. Поговорите для начала с судьей, возможно, если вы обратитесь с заявлением о разъяснении исполнения решения, то она там укажет, что оно является основанием для регистрации. Либо, если вы подали документы на регистрацию и получили официальный отказ, то обжалуйте его через суд с обязанием регистрации вашего права.