Когда вы регистрировали ИП, у вас уже был статус самозанятого (НПД). Налоговая должна была сохранить этот налоговый режим автоматически, и вы должны были стать ИП на НПД — то есть предпринимателем, который платит налоги по ставкам самозанятого.
Порядок обжалования (ст. 138 НК РФ):
Административное обжалование — подайте жалобу в вышестоящий налоговый орган (через УФНС по вашему региону). Срок подачи — 3 месяца с момента, когда вы узнали о нарушении (но лучше не затягивать)
Судебное обжалование — если жалоба не удовлетворена, обратитесь в арбитражный суд в течение 3 месяцев с даты получения решения по жалобе