Добрый день, Сергей
Скорее всего вы как-то не так поняли те разъяснения которые вам дали.
Каждый платит налог только со своей доли в квартире, а не с целой квартиры.
Поскольку вы говорите про один договор, то возможно речь идет о возможности применения налогового вычета в 1 млн рублей? Он да, так как квартиры продана по одному договору может быть использовании не каждым продавцом по 1 млн., а делится между продавцами поровну и каждый может применить налоговый вычет только исходя из суммы 500 тыс