1. Удерживать определенную сумму до инвентаризации работодатель не имел никакого права.
2. Если у работодателя есть претензии по недостаче, то он должен обратиться в суд и доказывать данные обстоятельства и вашу вину в недостаче.
3. Учитывая вышеизложенное и обстоятельства Вашего дела, Вы имеете право обратиться в суд с исковым заявлением или встречным исковым заявлением (если работодатель уже подал иск о взыскании недостачи) о взыскании не полученной заработной платы, компенсации за несвоевременную выплату части заработной платы, компенсации морального вреда за нарушение трудовых прав.
Если необходима более подробная правовая помощь, в т.ч. очная, то мои контакты в моем профиле (нахожусь всего в 2-х часах от Томска).