Здравствуйте!
Согласно действующему законодательству
1. Несовершеннолетний, достигший шестнадцати лет, может быть объявлен полностью дееспособным, если он работает по трудовому договору, в том числе по контракту, или с согласия родителей, усыновителей или попечителя занимается предпринимательской деятельностью.
Объявление несовершеннолетнего полностью дееспособным (эмансипация) производится по решению органа опеки и попечительства - с согласия обоих родителей, усыновителей или попечителя либо при отсутствии такого согласия - по решению суда.
(ст.27 ГК РФ)
Поэтому, сначала регистрируете ИП с согласия родителей, а потом обращаетесь с вопросом эмансипации.