Как узнать порядок возвращения излишне удержанной суммы

Подано заявление и налоговая декларация о возврате излишне удержанных налоговых сумм. В решении ФНС сказано, что возврат осуществляет налоговый агент, т.е. работодатель. Обратясь к работодателю письменно, я получила ответ, что деньги были перечислены в бюджет РФ и что требуется обратиться в налоговую. Теперь подать апелляционную жалобу в налоговую с приложением ответа работодателя? Или как? Изначально же я ответ не прикладывала к документам.