Здравствуйте.
Чтобы разобраться в ситуации необходимо изучать следующие документы: трудовой договор и доп.соглашение о совмещении (или приказ) должностей, расчетные листки за период, в том числе, до начала совмещения и далее, локальные акты организации о выплатах (например, Положение о заработной плате, Положение о премировании).
Дисциплинарное взыскание, конечно, если имело место, то Вы должны были о нем знать (если оно есть, то процедура привлечения существенно нарушена, см ст.193 ТК РФ).
По всем нарушениям Вы можете обращаться с жалобой в трудовую инспекцию. Для взыскания недоплаченных сумм с иском в суд.
Если Вам необходима более подробная консультация, Вы можете обращаться по указанным в моем профиле контактам.
С уважением.