Добрый день.
Если Вы собрались заключать нотариальное соглашение о разделе имущества, то что Вы там напишете, то и напишете. Хоть все имущество отдайте одной из сторон, главное, чтобы вторая была согласна.
Если исходить из того, что Вы верно определили стоимости имущества, то в целом Ваша логика верна при условии, если жена признает долг в 2 млн рублей в полном объеме.
НО: если она Вам и так их не отдала, неужели Вы верите, что она признает долг?
Касательно взыскания с нее 2 млн.руб. принудительно (если пойдет в отказ): если у Вас нет четко зафиксированных письменно (хотя бы в мессенджере, где жена признавала бы ВЕСЬ долг и срок возврата) договоренностей о том, что она гарантирует возврат средств, то с точки зрения закона Вы просто реализовали свободную свою волю и дали своей законной супруге денег по своей личной инициативе в процессе брака. Причем дали их из совместно нажитого имущества (Вы женаты, а значит Ваша зарплата - это совместный доход семьи).
Если будет суд о взыскании с жены 2 млн рублей, и у Вас нет письменных договоренностей о возврате ВСЕЙ суммы, и при этом Вы все-таки умудритесь в суде доказать факт отсутствия совместного проживания и докажете, что это не была добрая воля, то бывшая жена СПРАВЕДЛИВО потребует снизить сумму долга в два раза, потому что половину из перечисленных Вами 2 млн рублей - это и так ее деньги (50% от всех Ваших доходов). Я бы на ее месте сделал именно так. И тогда с нее взыщут, но взыщут именно 1 млн рублей (как Ваша половина в имуществе).
Почему Вы не разводитесь, если не живете 3 года - для меня, как для юриста - загадка. Вся Ваша зарплата за 3 года, все доходы, все новое имущество и др. - это совместно нажитое имущество. Вы сами себя зажали в рамки.
При этом поделить имущество Вы можете в течение 3 лет после расторжения брака.