Добрый день, Елена
В той квартире, при покупке которой использовался мат.капитал, вы обязаны выделить детям доли не меньше чем их доли мат.капитала относительно цены покупки квартиры.
Оставшаяся доля квартиры и вторая квартира подлежат разделу между вами в равных долях. Если у вас нет спора о том, как разделить квартиры, то вы можете заключить брачный договор (если брак еще не расторгнут) или соглашение о разделе совместно нажитого имущества (оба варианта через нотариуса).
В случае если не договоритесь, то придется решать спор о разделе в суде
По ипотечной квартире вариант раздела нужно будет согласовать с банком.