Елена, здравствуйте, законность и обоснованность отказа службы ФМС вправе оценивать только прокуратура или суд. Ваш сын вправе обратиться в любой из указанных органов. Уважительность причин пропуска срока для продления ВНЖ ничем не измерена и нигде не определена. Подразумевается, что это может быть заболевание. Каждый случай имеет свою собственную специфику - у разных людей разные заболевания протекают по разному, поэтому окончательную точку в вашем вопросе может поставить только суд, который даст оценку представленным медицинским документам о болезни сына и определит является ли причина пропуска срока уважительной.