Здравствуйте.
Если доход превысил лимит 2,4 млн рублей, чек в приложении «Мой налог» на сумму сверх лимита сформировать нельзя. С того дня, когда лимит превышен, вы теряете право на НПД. Вся выручка этого дня облагается по УСН. В течение 20 календарных дней после снятия с учёта НПД нужно подать уведомление о переходе на УСН. Налог по НПД за периоды до превышения платится по ранее сформированным чекам. Если чек не был сформирован, сумма попадает под УСН.
Нюанс:
Если заказчик перевёл всю сумму одним платежом, право на НПД теряется с начала дня превышения. Тогда вся сумма, включая часть, которая формально укладывалась в лимит, облагается по УСН.
Вам нужно сняться с НПД, подать уведомление на УСН и учесть доход, из-за которого произошло превышение, уже по УСН.