Здравствуйте! По позиции ФНС налога не будет ни у дочери, ни у отца: срок владения дочери считается с 25.05.2004, а подарок от матери налогом не облагается.
1-3. Если участник долевой собственности получает в дар еще одну долю той же квартиры, его право собственности не меняется, увеличивается только доля, поэтому минимальный срок владения считают с первичной регистрации права (Решение ФНС России от 27.03.2023 N БВ-4-9/3605@, включено в обзор позиций, письмо ФНС от 03.10.2023 N БВ-4-9/12603@). Сам подарок от матери дочери от НДФЛ освобожден (п. 18.1 ст. 217 НК РФ). Риск в том, что это позиция ФНС по жалобе, а не прямая норма: если местная инспекция посчитает иначе, спор решается жалобой в вышестоящий налоговый орган со ссылкой на это решение.
4. Отец владеет долей с 2004 года, это больше 5 лет, доход от продажи освобожден (п. 17.1 ст. 217, п. 4 ст. 217.1 НК РФ).
5. Доходы, освобожденные по ст. 217 НК РФ, можно не указывать в декларации (п. 4 ст. 229 НК РФ), поэтому подавать 3-НДФЛ при соблюденном сроке не обязательно.
6. По сделкам: договор дарения доли оформляется у нотариуса (п. 3 ст. 574 ГК РФ). А если отец и дочь продают все доли одним договором, нотариус по закону не обязателен: для продажи всеми собственниками по одной сделке закон делает исключение (ч. 1.1 ст. 42 Закона N 218-ФЗ).
Если инспекция все же пришлет требование, напишите, подскажу, как ответить со ссылкой на позицию ФНС.