Если отец вступает в наследство, его доля «прирастает», но срок владения всей недвижимостью для целей налога считается с самой ранней даты то есть с момента, когда он стал собственником своей изначальной доли, и не прерывается смертью супруги и вступлением в наследство.
Если наследство оформляет дочь, а затем продаёт свою долю, у неё срок владения будет отсчитываться со дня смерти мамы (а не с даты регистрации наследства), и через 3 года она тоже сможет продать без налога.
Декларацию 3-НДФЛ подавать не нужно, если срок владения истёк. Если продажа происходит раньше декларацию подать придётся, даже если налог в итоге будет нулевым.