Здравствуйте.
Работодатель действует незаконно. Удержания из зарплаты неправомерны, если не доказана Ваша вина в причинении материального ущерба. Все выплаты должны были произвести в день увольнения. Если это было сделано позже, Вы вправе требовать дополнительно компенсацию в соответствии со ст.236 ТК РФ.
Удержания за мед.книжку также неправомерны, поскольку все медосмотры проводятся за счёт работодателя.
Вы можете подать жалобу в трудовую инспекцию и обратиться с иском в суд.
Если Вам нужна более подробная консультация, помощь в составлении документов, Вы можете обратиться ко мне по указанным в моем профиле контактам.
С уважением.