Здравствуйте! Ситуация крайне неприятная, и я искренне сочувствую.
Отвечая на ваш главный вопрос: нет, налоговая не имеет права облагать налогом один и тот же доход дважды. Если с вашей зарплаты уже был удержан НДФЛ (13%) вашим работодателем, она не должна считаться доходом от предпринимательской деятельности (ИП).
Для того чтобы снять арест и доказать отсутствие долга, вам нужно предоставить в налоговую (ФНС) по месту регистрации доказательства того, что эти средства являются заработной платой.
Налоговая имеет право требовать уплаты только тех налогов, которые возникли в результате вашей деятельности как ИП. Зарплата — это личный доход физлица, и повторно облагать её налогом по системе ИП незаконно.