Штраф за то что не проходила регистрацию

Здравствуйте! Если возможно, подскажите решение в данной ситуации. Девушка, гражданка Казахстана, учится в России, в университете. 3й курс на данный момент. На первом курсе при зачислении получила временную регистрацию в общежитии. Далее в течении трёх лет она многократно выезжала в РК и обратно, срок пребывания в России не превышал каждый раз 90 дней. На днях с удивлением услышала от ректората что должна заплатить ШТРАФ из за того, что не проходила регистрацию, всякий раз при въезде в РФ. Кто прав, а кто виноват ?)