Здраствуйте!
Форма № 9 служит доказательством того, что гражданин временно проживает по указанному адресу.
Наличие формы № 3 (временная регистрация) также свидетельствует о праве гражданина пребывать по данному адресу. Формально, оба документа равнозначны и служат одним целям.
Напишите заявление на имя начальника военкомата с просьбой разъяснить причину отказа и потребовать приема документов.
Федеральный закон № 53-ФЗ "О воинской обязанности и военной службе"