Добрый день ! Возражать против постановки на регистрационный учет сестры вправе, а вот предъявлять иск о выселении может только муниципалитет как владелец жилья. Отсутствие прописки не является доводом для выселения человека, тем более несовершеннолетнего.
В любом случае вопрос выселения супруги может разрешить только суд и при наличии веских доказательств и определенных условий - неуплата, неправильное поведение, нецелевое использование жилья и проч. Если Вы не допускаете подобных нарушений, волноваться не о чем.