Здравствуйте, сумма продажи и сумма покупки отношения друг к другу не имеют и ничего не перекрывают. Если каждая из вас продала свою долю в квартире за 900 тысяч рублей, то независимо от срока владения недвижимостью, налог с продажи платить не потребуется. После покупки квартиры каждая из вас стала собственником доли жилья и декларация для предоставления налогового вычета подается с указанием именно этой суммы, то есть налоговый вычет будет предоставляться на ваши расходы в 900 тысяч каждой.