Екатерина, выбирать между алиментами и квартирой Вам не нужно: квартиру в счет алиментов получить можно, но только по нотариальному соглашению, а устная договоренность с мужем ничего не гарантирует.
1. Алименты можно платить не только деньгами, но и имуществом, например его долей в квартире, если это записано в соглашении об уплате алиментов (п. 2 ст. 104 СК РФ). Такое соглашение заключается только у нотариуса, без этого оно ничтожно (п. 1 ст. 100 СК РФ).
2. Продать квартиру, «когда он захочет», муж не сможет. На покупку пошел маткапитал, значит, квартиру нужно оформить в собственность Вашу, мужа и обоих детей с определением долей (ч. 4 ст. 10 Закона N 256-ФЗ). Долю ребенка продают только с предварительного разрешения опеки (п. 2 ст. 37 ГК РФ), а квартиру в ипотеке продают только с согласия банка (п. 1 ст. 37 Закона об ипотеке).
Надежный путь для Вас: нотариальное соглашение, по которому его доля переходит детям в счет алиментов, и в нем же решается, кто дальше платит ипотеку.
Напишите, оформлены ли уже доли детей в выписке из ЕГРН и сколько осталось по ипотеке, подскажу, что включить в соглашение, чтобы оно было выгодно Вам и детям.