Наиля, здравствуйте!
Предоставление 2-х дней на прохождение диспансеризации не связано с Вашим графиков работы.
Как указано в том Письме Министерства труда и социальной защиты РФ от 2 сентября 2020 г. № 14-2/ООГ-14195 Об освобождении от работы в связи с прохождением диспансеризации при продолжительности рабочего дня более 8 часов https://www.garant.ru/products/ipo/prime/doc/74496410/?ysclid=mn5l1ev17q62278272, на которое ссылается ваш отдел кадров, то при оплате дней диспансеризации учитывается только один рабочий день нормальной продолжительности
В соответствии со статьей 185.1 Трудового кодекса Российской Федерации работники при прохождении диспансеризации в порядке, предусмотренном законодательством в сфере охраны здоровья, имеют право на освобождение от работы на один рабочий день один раз в три года с сохранением за ними места работы (должности) и среднего заработка.
Поскольку постольку нормальная продолжительность рабочего дня установлена в 8 часов, при исчислении оплаты учитывается только это время
В тоже время, если человек достиг возраста предпенсионера (сейчас это 55 лет для женщин или меньше при вредных условиях труда), то они для прохождения диспансеризации освобождаются на 2 рабочих дня раз в год
Работники, не достигшие возраста, дающего право на назначение пенсии по старости, в том числе досрочно, в течение пяти лет до наступления такого возраста и работники, являющиеся получателями пенсии по старости или пенсии за выслугу лет, при прохождении диспансеризации в порядке, предусмотренном законодательством в сфере охраны здоровья, имеют право на освобождение от работы на два рабочих дня один раз в год с сохранением за ними места работы (должности) и среднего заработка.
Других вариантов закон не предусмотрел
Если ответ устроил - отметьте лайком после прочтения