Иностранный гражданин, рожденный в России, рискует депортацией из-за ошибки миграционной службы

Здравствуйте Такой вопрос : иностранный гражданин хотел урегулировать свое положение в РФ но он не успел по указу президента АМИНИСТИИ по причине того что миграционщики говорили что якобы он уже депортирован по факту депортации не было и это доказано бумагой с ПУ ФСБ ДАЛЕЕ его сейчас хотят депортировать Но сам гражданин родился в России его мать , отец, родной брат граждани России , у него есть жена гражданка России но нет у них загса так как у иностранца нет регистрации временной Подскажите пожалуйста как быть ? Буду благодарен