Добрый день.
Легализовать жену можно через орган ГУВМ МВД.
Так как миграционка истекла, теперь необходимо выехать из страны на срок не менее 90 дней. Далее супруга въезжает обратно в РФ, получаете новую миграционку и далее подает документы на РВП или патент.
Далее, можете подать документы на оформление гражданства - на основании наличия у супруга гражданства РФ.
Если останется, кроме штрафа, скорее всего будет депорт на срок до 5 лет.
Поэтому выезд из РФ носит здесь обязательный характер.
Рекомендую перед выездом из РФ информацию уточнить в индивидуальном порядке через орган ГУВМ МВД РФ.
ФЗ «О правовом положении иностранных граждан в РФ», ФЗ «О гражданстве РФ»
Ответ был полезным, отметьте лайком