Добрый день.
Основная Ваша проблема не в том, что ген.директор будет привлечен к некой ответственности по долгам, а в том, что когда у человека куча долгов, это может заставлять самого человека нарушать чужие права, чтобы получить больший доход.
Ваш гендир не просто наемный сотрудник, но еще и учредитель. Его доля в компании может быть продана за долги через торги. Со всеми вытекающими для компании. Ну и в своей практике видел много случаев, когда ген.директоры с долгами, пользуясь полномочиями, выдавали сами себе займы (от своей компании), обналичивали средства и др.
С учетом того, что гендиректор еще и учредитель, то Вы никак теперь его не уволите, потому что он и руководитель и ВЛАДЕЛЕЦ фирмы.
Если нет доверия гендиру, в Вашем случае только открытие нового юр.лица с переводом бизнеса туда. Сотрудников тоже переманите. А гендир пусть сам отвечает по своим долгам и долгам организации (ответстенность везде будет лично его: либо как владельца, либо как руководителя).