Здравствуйте .
В силу пункта 4 статьи 10 Закона N 256-ФЗ жилое помещение, приобретенное (построенное, реконструированное) с использованием средств (части средств) материнского (семейного) капитала, оформляется в общую собственность родителей, детей (в том числе первого, второго, третьего ребенка и последующих детей) с определением размера долей по соглашению.
В вашем случае, поскольку произошло переселение и замена объекта ипотеки (кв. 1 на кв. 2), то обязательства по выделению долей детям теоретически должны были быть перенесены на новую квартиру.
Отказ МФЦ скорее всего связан с тем, что изначально обязательства по выделению долей должны были быть выполнены в отношении квартиры 1. Однако, поскольку кв. 1 была заменена на кв.у 2.