Формально у Вас нарушение прав.
Так как воинский учет на получение паспорта никак не влияет.
Если Вы гражданин РФ, Вам обязаны выдать документ.
Здесь подавайте жалобу на действия отдела ГУВМ МВД РФ в прокуратуру.
Что касается военкомата - жалобу на имя военкома и далее в военную прокуратуру.
Для постановки на воинский учет по закону нет требования наличия у гражданина регистрации. Здесь также нарушение прав. Поставить на учет обязаны по заявлению от гражданина.