Здравствуйте, Джалолиддин!
Ситуация, в которую Вы попали, действительно неприятная, но не безнадёжная. Постараемся разобраться спокойно.
Уведомление о подтверждении проживания по ВНЖ действительно подаётся ежегодно, не позднее чем через год со дня получения ВНЖ. Это требование предусмотрено п. 9 ст. 8 Федерального закона № 115-ФЗ. Незнание, к сожалению, не освобождает от ответственности. Однако, если уведомления не подавались ни разу, то нарушение считается систематическим, и в таких случаях МВД вправе аннулировать ВНЖ.
Хорошая новость в том, что до фактического получения официального уведомления об аннулировании ВНЖ, Вы находитесь в законном статусе. И в этот момент можно попробовать действовать.
Сейчас действительно действует программа легализации иностранцев — в ряде регионов принимаются заявления о "восстановлении правового положения". Важно уточнить, проходит ли такая программа в вашем регионе и подпадаете ли Вы под неё. Обычно это касается иностранных граждан, находящихся в РФ с нарушением, но иногда дают шанс и тем, кто допустил административные ошибки. Обратитесь в территориальный отдел МВД (можно даже письменно) с просьбой о возможности восстановить утраченные уведомления задним числом, подав их сейчас, объяснив ситуацию. Иногда принимают такие уведомления "задним числом", особенно если гражданин проявляет инициативу.
Также рекомендую срочно направить в МВД ходатайство о неприменении к Вам меры в виде аннулирования ВНЖ, приложив квитанцию об уплате штрафа, копии документов и написать, что Вы признали ошибку, готовы соблюдать нормы впредь и просите дать шанс.
Очень многое зависит от конкретного региона и позиции начальника отдела — иногда принимается решение сохранить ВНЖ при отсутствии умысла на нарушение. Раз Вы уже были на подаче на гражданство, значит, основание у Вас есть, и статус добросовестного заявителя может сыграть в Вашу пользу.
Сейчас главное — действовать быстро: направить письменное ходатайство, попробовать сдать уведомления, уточнить по программе легализации в вашем регионе. До 30 апреля время ещё есть.
С наилучшими пожеланиями, Хабас Феликсович.