Я работаю самозанятой и работодатель не сказал за что вычел штраф

Ознакомьтесь с условиями договора об оказании услуг, который вы заключили как самозанятая. Если там предусмотрены штрафы, тогда возможность его вынесения законна. В любом случае, вы можете его оспорить. Вторая сторона договора не является вашим работодателем, так как между вами не заключен трудовой договор.  В рамках трудовых отношений штрафы, как наказание за нарушение трудовых обязанностей, законом не предусмотрены.