Здравствуйте! Лучше конечно заключить договор дарения - это простой и часто используемый способ передачи недвижимости между близкими родственниками. Не облагается налогом на доходы физических лиц, если дарение происходит между близкими родственниками (родителями и детьми).
Договор купли - продажи предполагает, что ваш отец покупает у вас квартиру за определенную сумму. И требует уплаты государственной пошлины и, возможно, налога на доходы, если продажа осуществляется по цене выше, чем вы приобрели эту недвижимость.