Добрый день, Алена
Если квартиру мама покупала то можно уменьшить доход на величину расходов на покупку (если остались подтверждающие документы).
Если квартира покупалась в браке, то в зависимости от даты покупки отцу возможно не надо будет платить налог (но тут еще зависит от того как вам нотариус оформил документы - выделял супружескую долю или нет).
Также доход можно уменьшить на налоговый вычет в размере 1 миллион.
В договоре можно указать стоимость ниже (но она не должна быть меньше 70% от кадастровой стоимости), но я не рекомендую так делать