Гражданин Казахстана работал в России по гражданско правовому договору несколько лет

Здравствуйте. Гражданин Казахстана работал в России по гражданско-правовому договору несколько лет. Сейчас расторгает договор и выезжает из России, а по приезде хочет подать на ВНЖ. Въезжать планирует по личным причинам, не по работе. В таком случае пребывание в 90 дней (при регистрации) будет действовать для него? Или эти дни как бы потрачены во время действия договора и его нахождения в стране? И теперь он сможет въехать спустя полгода? Или при расторжении договора, выезда из страны на месяц и въезде по личным причинам эти 90 дней будут действовать?