Могут ли отказать в оформлении российского гражданства

Здравствуйте! Меня зовут Барсегян Оксана Николаевна, у меня гражданство России. Я являюсь официальной женой Барсегян Андраника Оганнесовича с 05.10.2012г. У моего мужа гражданство Армении. От этого брака имеется дочь Барсегян Анна Андраниковна, у неё гражданство России, полученное при рождении. Проживает он в России с 2011 года и по настоящее время. У него выдан Вид на жительство , есть регистрация в Кемеровской области в г. Междуреченске и он проживает по этому же адресу. Он никогда не выезжал из России. Он сдал пакет документов на оформление гражданства России в службу ФМС. Отправил 09.12.2016г. в город Москву в Департамент республики Армения Уведомление об отказе от гражданства Армении. Уведомление уже получено в Департаменте города Москвы. Но 10.12.2016г. он вынужден был вылететь на похороны отца в Армению в город Гюмри. Он долетел до Москвы до аэропорта Домодедово и там у него должна была быть пересадка до города Еревана, согласно билета. Но его не допустили до вылета в регистрационном пункте. Сотрудники паспортно-визовой службы в аэропорте сказали ему, что у него срок визы истёк в 2015г. Выписали постановление об административном правонарушении, что он нарушил правила пересечения границы. Выписали ему штраф в размере 2000 тысяч рублей. Ему сказали, чтобы он ехал в Департамент республики Армения в г. Москва для продления визы. Ему отказали в продлении визы в департаменте, ему сказали . что виза просроченная и они могут сделать только возврат на родину в Армению. Ещё они у него спросили, есть ли у него с собой военный билет, он его с собой не взял, и сотрудники департамента ему ответили, что только возврат на родину могут сделать и никак иначе. Он не согласился с этим предложением. Он был вынужден купить билет на поезд сообщением Москва- Новокузнецк и уехать. Он боится, что эти события могут повлиять каким-то образом на оформление российского гражданства. Когда он прибыл 16.12.2016г в город Междуреченск, он сходил в ФМС города Междуреченска, рассказал им о случившемся, ему ответили, что он должен оплатить административный штраф, он оплатил и ещё они сказали ему, чтобы он попробовал продлить визу. У него есть близкие родственники в Арменни в городе Гюмри: его мать, брат родной, тётя и др. Мы хотим узнать нужно ли это делать, так как пакет документов на оформление гражданства России был отправлен в ФМС города Кемерово Кемеровской области. Могут ли ему отказать в оформлении российского гражданства. Нужно ли сейчас продлевать визу и если да, то что для этого нужно? Заранее спасибо за консультацию. Мы очень надеемся на вашу помощь и скорейший ответ!