Можно ли отменить приказ о проверке

Не может. Ни суд, ни трудинспекция не может вмешиваться во внутрипроизводственные отношения организации. Законодательство, в том числе через суд и инспекцию, защищает трудовые права работника, то есть основанием для реагирования может служить только факт нарушения таких прав - наложение взыскания, невыплата зарплаты и т.п.. Но законодательство не содержит норм по защите прав структурных подразделений организации, и не регламентирует взаимоотношения между организацией и ее структурными подразделениями. Организация имеет право определять для себя такие нормы, и если они не затрагивают конкретных трудовых прав работника (работников), то такие нормы всегда будут правомерными.