Здравствуйте!
Уведомить оба военкомата, кроме ЕПГУ лучше Почтой РФ электронное письмо.
У него есть из ЕПГУ документ, что подал на регистрацию, а также если лично в отделе миграции ОП подавал документы, то расписка о сданных документов для регистрации.
Поэтому на личный приём можно в военкомат прибытия явиться.
Если он окончил ВУЗ бакалавриат(специалитет. БВУ) и будет продолжать далее учёбу и оформлять отсрочку (магистратура, аспирантура), то закажет справку с ВУЗа и также может подать заявление на отсрочку на личном приёме в военкомате(просить ставить регномер на 2-м экз, который у него остаётся).
п. 2 Ст. 24 ФЗ 53
https://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_18260/fbe9593051ae34e2a8eb27f73b923ffee40296b7/