Добрый день!
Да, надо.
Если сертификат получен в браке, а жилое помещение приобретено с использованием средств материнского капитала после расторжения брака, то бывшему супругу владельца сертификата не надо выделять долю на такое помещение. Это связано с тем, что на момент использования сертификата стороны уже не являются членами одной семьи, в то время как целью выдачи сертификата является государственная поддержка семей, имеющих детей, а не родителей и детей (см., например, Определение Шестого кассационного суда общей юрисдикции от 08.10.2020 по делу N 88-20460/2020).
Выделять долю бывшему мужу нужно, но не из расчета стоимости всего дома, а из расчета 1/4 от суммы материнского капитала.