Срок считается с момента регистрации нового жилья. При этом не учитывается, сколько вы владели аварийным жильем. Основание: ст. 32 Жилищного Кодекса РФ, письма Минфина РФ от 28 марта 2018 № 03-04-05/19795, 25 августа 2017 г. № 03-04-05/54847.
Срок в ХМАО снижен
https://admhmao.ru/documents/pravovye-akty/404834/
Статья 1. В соответствии с подпунктом 1 пункта 6 статьи 217.1 части второй Налогового кодекса Российской Федерации установить минимальный предельный срок владения объектом недвижимого имущества три года, в течение которого объект недвижимого имущества должен находиться в собственности налогоплательщика, в целях освобождения от налогообложения доходов физических лиц, полученных от продажи такого объекта.
Статья 2. Настоящий Закон вступает в силу с 1 января 2016 года, но не ранее чем по истечении одного месяца со дня его официального опубликования, и применяется в отношении объектов недвижимого имущества, приобретенных в собственность после 1 января 2016 года.