Здравствуйте!
Пока непонятно, ваш отец обращался за получением компенсации или нет. Если нет, то сначала обращайтесь в местную администрацию. Должны были создать межведомственную комиссию и включить пострадавших лиц.
Здравствуйте! Да, защитит. Однако, вы можете за собой признать право собственности на квартиру (за вычетом доли в мат. капитале), доказав использование личных средств. К примеру, заключить договор дарения вам денежных средств или сохранить выписку о получении денежных средств за продажу добрачного имущества и тд.. Много нюансов.
Если необходима более детальная консультация и помощь в составлении документов, то обращайтесь в личные сообщения. Контактные данные указаны в профиле.