Обязан ли работодатель выплатить стипендию и правомерно ли требование о возмещении стоимости обучения?

Добрый день! Сразу после трудоустройства работодатель отправил меня на курсы повышения квалификации без отрыва от работы, при этом заключив со мной ученический договор, по которому я буду обязан вернуть полную стоимость обучения, если уволюсь раньше установленного срока. Так же, в договоре нет пункта о выплате мне стипендии в период обучения и по факту стипендию мне так и не выплатили, но при этом я получал зарплату. Но поскольку нормы ТК РФ несут императивный характер, то считаю правильным применить по отношению к договору ст. 204 ТК РФ по умолчанию, т.к. договор не может противоречить закону. Уволившись с работы раньше установленного срока работодатель предъявил мне требование о возмещении полной стоимости обучения. Имею ли я право обязать работодателя выплатить мне стипендию за все время обучения и признать его требования ничтожными в связи с нарушением трудового законодательства РФ, а причину увольнения по собственному желанию признать уважительной, поскольку работодателем были задержаны выплаты? Стоит ли обращаться в вышестоящие органы?