Здравствуйте.
Вы не обязаны соглашаться на квартиру меньшей площади или худшие условия из-за проблем застройщика.
Если не хотите терять в качестве и площади жилья, не расторгайте договор ждите, пока застройщик решит проблемы и повторно попробует зарегистрировать ДДУ.
Если решите отказаться требуйте возврата всех средств, включая маткапитал и ипотеку.
Все изменения условий оформляйте только письменно.