Добрый день.
Вас, как собственника дома, она выселить не может. То, что делали ремонт своими руками, ника кне влияет на ситуацию: Вы были на тот момнет в браке.
Можно (один из вариантов):
1. попробовать через суд потребовать снизить ее долю в доме, поскольку ее доля выше той, которая должна была быть выделена ей с учетом вложенного маткапитала. Но вряд ли Вас поддержит суд: ранее Вы проявили добрую волю и сами долю ей выделили.
2. можно заявить иск о неосновательном обогащении, поскольку по итогам развода она получила имущества больше, чем было положено как совместно нажитое имущество (с учетом вложения Ваших средств от продажи иного имущества).
+ если Вы после развода оплачивали все расходы за дом (коммуналка и др.), то Вы можете затребовать с бывшей жены компенсацию части расходов (с учетом того, что в доме ее доля).