Добрый день.
Если 3 года не пройдет, то платить налог она будет должна.
Но при этом:
сумма налога должна рассчитываться только на половину стоимости квартиры, потому что вторая половина как совместно нажитое имущество - в собственности у нее де-факто и де-юре с 2004 года (даже если квартира полностью была записана на отца). Но это должна Ваша мама четко указать при подаче декларации, приложив документы о браке, прве собственности на квартиру от 2004 года.