Да, нотариус обязателен. Первому ребенку доля уже должна была быть выделена, это необходимо исправить. Третьему ребенку долю выделять не нужно.
Ваши доли уже зафиксированы в первоначальном договоре (по 3/8 у каждого). Они остаются неизменными. Отличный и очень правильный вопрос. Ситуация комплексная, но вполне решаемая. Давайте разберем все по порядку.
Первому ребенку (дочери): ей уже принадлежит 1/4 (или 2/8) доля по первоначальному договору. НО! Это была ее доля, приобретенная за счет средств ипотеки. Когда вы использовали материнский капитал (МК), вы взяли на себя обязательство выделить доли всей семье за счет этих средств МК. Так как первая дочь уже была собственником, формально ей выделять долю за счет МК не требовалось. Однако на практике это часто делается для упрощения и прозрачности структуры собственности. Главное — ее права уже учтены.
Второму ребенку: Это обязательный получатель доли за счет средств маткапитала. Ему доля выделяется впервые.
Третьему ребенку: НЕТ. Обязательство по выделению долей по программе маткапитала распространяется только на членов семьи на момент подачи заявления о распоряжении МК. На момент использования маткапитала третьего ребенка еще не было в семье, и средства МК на его приобретение не направлялись. Его права на эту квартиру не возникают.
Итог: Доли выделяются вам, вашему бывшему супругу и второму ребенку. Доля первого ребенка уже есть.