Здравствуйте, София!
Ваша ситуация вполне понятна, и в ней действительно важно действовать грамотно, чтобы избежать проблем как при выезде из России, так и при въезде в Германию и обратно.
Поскольку вы являетесь гражданином Российской Федерации, российские законы обязывают вас выезжать из России и въезжать обратно исключительно по российскому загранпаспорту. Это касается всех российских граждан, независимо от наличия второго гражданства.
То есть при вылете из России вы показываете российский загранпаспорт, и именно по нему вы проходите пограничный контроль на выезде. Затем, уже при въезде в Германию, вы предъявляете украинский паспорт, потому что с ним действительно не требуется виза. Аналогично — при вылете из Германии обратно в Россию: на выезде из Шенгена — украинский паспорт, а при въезде в Россию — снова российский.
Очень важно не пытаться выезжать из России по украинскому паспорту — это будет расценено как нарушение, и могут быть серьезные последствия, вплоть до штрафов и ограничения на выезд.
Вы действуете в рамках закона, если используете российский паспорт для перемещения через границу РФ и украинский — в странах, где он дает вам больше прав.
Желаю вам приятной и спокойной поездки, а также теплой встречи с родственниками.
С наилучшими пожеланиями, Хабас Феликсович.