Здравствуйте, Наталья!
Помилование устраняет правовые последствия судимости, что фактически приравнивается к её снятию. Это означает, что ваш муж должен считаться несудимым, а значит, не должно быть оснований для отказа в добавлении ОКВЭД. Однако на практике могут возникать ситуации, когда госорганы продолжают учитывать факт прежней судимости, несмотря на помилование.
Рекомендую подать письменный запрос в регистрирующий орган с разъяснением правового статуса после помилования. Если отказ был оформлен официально, его можно оспорить в суде.
С наилучшими пожеланиями, Хабас Феликсович.