Согласно законодательству Российской Федерации, если оба родителя являются гражданами России, то ребёнок также автоматически получает гражданство этой страны по рождению. Таким образом, ваши дети уже являются гражданами РФ. Штамп о гражданстве ставится в основном для того, чтобы подтвердить российское гражданство ребёнка при поездках за границу. Если вы планируете путешествовать с детьми, то лучше заранее позаботиться о том, чтобы у них был такой штамп.
Если вы не собираетесь выезжать из России, то отсутствие этого штампа не должно создать проблем при получении паспорта.
Что касается действий сотрудников паспортного стола, то они могут проверить информацию о гражданстве вашего супруга, чтобы убедиться в том, что он действительно является гражданином РФ. Это может занять некоторое время, но после проверки вам должны сообщить результат и принять документы для постановки штампа о гражданстве.