Ситуация, которую вы описываете, действительно вызывает вопросы. Важно понимать, что налоговая служба основывает свои требования на информации, которая у них имеется. Если по данным ГИБДД вы владели автомобилем менее трех лет, то вам может потребоваться подать декларацию и уплатить налог.
Если у вас есть документы, подтверждающие, что вы владели автомобилем менее трех лет, то стоит еще раз обратиться в налоговую службу и предоставить эти документы. Возможно, произошла ошибка в системе или информация была внесена неправильно.