Согласно статье 249 Трудового кодекса РФ, в случае прекращения трудового договора до истечения срока, обусловленного трудовым договором или соглашением об обучении за счёт средств работодателя, работник обязан возместить затраты, понесённые работодателем на его обучение, исчисленные пропорционально фактически не отработанному после окончания обучения времени, если иное не предусмотрено трудовым договором или соглашением об обучении.
Вы должны будете вернуть работодателю средства, потраченные на ваше обучение, если не отработаете двухлетний срок по ученическому договору. Отказ от получения сертификата не освободит вас от этой обязанности.